Principalmente el clima es el perteneciente al bosque húmedo tropical (cálido), existe muy poca variación entre las temperaturas del día y la noche, las lluvias son abundantes pero no como en la Selva Alta.

En las cimas y flancos de la Cordillera del Sira y la Cordillera Azul, la temperatura durante el día es alta y en las noches son bajas, dando así la sensación de frío. También existe mucha nubosidad en las cumbres de estos relieves montañosos.

Existe un fenómeno llamado "Fríos de San Juan", en el cual la temperatura baja bruscamente durante unos 4 días. Esto debido a que masas de aire del Frente Antártico se desprenden y penetran al Continente sudamericano por la depresión del Río de la Plata, continúa por la depresión del Paraná e ingresan a Perú por Madre de Dios y continúa hacia el norte en dirección a la zona de baja presión ecuatorial.