Desde épocas prehispánicas Madre de Dios ha sido considerada una tierra mítica y ha sido identificada tanto con El Dorado como con el Paititi. Durante la época del Incanato integraba el Antisuyo o región noreste del imperio y representó para los soberanos incas una región difícil de dominar pero muy valiosa debido a sus recursos naturales.

Con la llegada de los conquistadores españoles se organizaron numerosas expediciones con el objetivo de explorar la región pues se pensaba que, escondido entre el espesor de la selva, se encontraría un reino abundante en riquezas. Una serie de exploradores, entre los que destacaron Pedro de Candia, hombre muy cercano a Pizarro, Pedro de Ansures de Camporredondo y Diego Maldonado y posteriormente Álvarez Maldonado (siglo XVI) emprendieron diferentes rutas sin que lograran descubrir jamás el territorio que, según contaba la leyenda, estaba repleto de oro.

Dentro de los expedicionarios del siglo XIX resalta la figura de Faustino Maldonado, quien recorriera por primera vez todo el río Madre de Dios en 1861. Sin embargo, el más famoso explorador que se aventuró en la región fue Fermín Fitzcarrald, poderoso cauchero que navegó por diferentes ríos de la selva peruana con gran curiosidad y audacia. Fitzcarrald partió de Iquitos en 1894 a bordo de la lancha a vapor Contamana y llegó hasta los ríos Manu y Madre de Dios.

En 1902 se fundó la ciudad de Puerto Maldonado y en 1912 se creó el departamento de Madre de Dios cuyo nombre se origina en una antigua historia de los padres dominicos según la cual se halló una imagen de la Virgen a orillas del río Según.