Los territorios del Cusco se hallan bajo la influencia macro-climática de grandes masas de aire provenientes de la selva sur oriental, del Altiplano, e incluso de la lejana región de la Patagonia. Los vientos de la selva sur implican inmensas masas de aire cargadas de humedad, que son impulsadas por los vientos alisios del oriente.

Los vientos que llegan del Altiplano peruano boliviano son más bien fríos y secos, al igual que los que provienen de la Patagonia y que por lo general suponen eventos de mayor escala. Estos ingresan por la zona sur oriental.

Por otro lado, los vientos locales que se generan en los valles y en las llanuras del Cusco tienen la función de distribuir calor y humedad a lo largo del día.

De manera general se distinguen dos temporadas climáticas: la temporada de lluvias, de noviembre a marzo y la temporada sin lluvias, de abril a octubre. de aventura, goza con las caminatas largas, o del contacto con la naturaleza y los paisajes hermosos, una alternativa para llegar a la imponente Ciudadela de Machu Picchu será, definitivamente, el recorrido a pie recorriendo el antiguo Camino Inca a Machu Picchu.
El trayecto habitual toma cuatro días y tres noches, aunque existen opciones de mayor o menor duración. Si bien la mayor parte del recorrido se hace a 2,000 m.s.n.m., se deben atravesar tres abras donde se superan los 4,000 m.s.n.m. Es necesario pasar al menos un día entero en zona de altura para poder aclimatarse adecuadamente. El Camino Inca a Machu Picchu es conocido como la ruta más famosa de trekking en Sudamérica.

Climas cálidos (húmedos y secos)

Húmedos:
Corresponden a las zonas de selva baja, tanto al norte en el bajo Urubamba, como al este del departamento en la entrada de los valles Pillcopata y Araza.

Precipitaciones: Más de 1,000 mm. al año.

Temperaturas:

     Máxima: Alrededor de 30°

     Mediana: : Entre 23° y 25°

     Mínima: Alrededor de 20°

Secos:
Los climas cálidos y secos, en cambio, se dan en las yungas bajas que aparecen, en forma de cañones, en la cuenca del río Apurímac, al centro y suroeste del departamento.

Precipitaciones: Menos de 500 mm. al año

Temperaturas:

     Máxima: Hasta 32°

     Mediana: Entre 17° y 18°

     Mínima: Hasta 4.4°

Templados (húmedos y secos):
Climas de los valles interandinos que dominan la zona central del territorio cuzqueño, donde la diferencia en humedad está marcada por la ubicación en la vertiente. Es decir, la cercanía al oriente implica más humedad, mientras la proximidad al occidente implica mayor sequedad. Las zonas de clima templado son de vital importancia para el asentamiento de las poblaciones.

Temperaturas:

     Máxima: Hasta 29°

     Mediana:: Entre 11° y 16°

     Mínima: Entre 7° y -4°

Fríos (húmedos y secos):
Se dan, principalmente en las zonas altas de los valles, en las punas y en las regiones que rodean a los glaciares; es decir, en áreas que se encuentran por encima de los 3,800 m.s.n.m.

Temperaturas:

     Máxima: Hasta 10°

     Mediana: Varían conforme la altitud

     Mínima: Bajo el 0 °